제가 codeigniter를 만든게 아니라서 왜 default로 하지 않았는지에 대한 부분은 확실하게 답을 못합니다. ㅎㅎ
작업공간님처럼 보안에 확실하게 모든걸 default로 해놓기를 바라는 개발자가 있는 반면 
그 반대인 개발자도 있을 겁니다. 
그리고 매뉴얼만 잘 읽었다면 이런 것이 있고 필요할때 잘 쓸 수 있겠죠.

미미하겠지만 당연히 영향을 미치는 부분입니다. xss 체크는 config.php에서 설정할 경우 모든 전송값에 대해
체크를 합니다. 그리고 이 필터가 완전하지 않은 부분도 있습니다.

위지윅에디터에서 html로 전송할 경우 <span> 이나 <p> 태그에 붙은 class, id 등등을 모두 제거합니다. 
그래서 글자색이 안나오거나 스타일이 깨지거나 할 수 있습니다.

xss, csrf 적용해놨다고 해킹 안 당하는거 아닙니다. ^^;

아 ... 하하 .. 그렇군용 ㅋㅋ;

보안을 조이면 조일수록 개발자에겐 제약이 따르게 됩니다. 안그런 부분도 있겠지만, 아무래도 많은부분 신경을 써야해요.
혼자 모든것을 생각하고 개발을 하는 경우에는 여러 부분들을 고려 해가며 개발을 하기에 그나마 나을수 있으나, 외부 플러그인들을 가져다 쓸 경우 많은 부분에서 문제가 생기곤 한답니다. 그렇다고 그 플러그인을 처음부터 다시 개발하기에는 시간이 너무 소비 되고요.
적당히 조율해가며 사용해야 하겠졍~ ^_^;