1) 편하신대로 사용하시면 됩니다. 저도 HeidiSQL 사용해서 작업합니다.

2) 버전업은 "신 버전이 나왔네!" 하고 할 수 있는 문제가 아니라 어느정도 충분한 기간을 잡고 업데이트 하기 때문에.. 딱히 해드릴 말씀이 없네요. 말씀하신 3개는 사실 버전차이로 크게 문제는 없습니다. 적어도, 연동에서는요. 

3) 따로 설치하시거나 패키지로 설치하시는건 전적으로 질문자분에게 달린 문제라, 따로 해드릴 말씀이 없습니다. 저희 회사에서는 따로 설치해서 사용하고 있습니다.

갑자기 어느 한쪽이 버전이 확 올라가서 다른쪽과 안맞거나 하는 경우는 없습니다.

사용자의 코드가 안 맞을 수는 있어도 패키지가 문제가 생기지는 않습니다.

설마 그것도 생각 안 하고 배포를 할까요 ㅎㅎ

문제가 발생하면 버그 패치도 올라 옵니다.

php7 이 약간 이례적인 상황이지, 보통 php 버전 올라갔다고 바로바로 업그레이드 하지 않았거든요.

FOKKIA님, kaido님 감사합니다. 과거에 APMSetup을 가지고 사용을 하다가

이 패키지가 요사이 아파치와 PHP, MySQL 의 버전들이 안 맞는지 업데이트

하라는 명령이 계속 발생하는데 이리저리 맞추어도 해결이 잘 안되어 각각

설치하는 것이 바람직하다고 생각이 되어 질문을 올렷는데 좋은 내용으로

조언해주셔서 감사합니다. 각각 별도로 설치한 후 HeidiSQL로 디비를 관리

하는 방향으로 해보겟습니다. 감사합니다.

더불어서.. APMSetup 는 사용하지 마세요 ( ..)

버전도 엄청 낮고, 관리도 안되고... 저도 로컬 테스트용으로 사용하다가 이젠 그냥 xampp 사용합니다

 잘 살펴보시면 xampp 는 서버 사용 보증을 하는데 APMsetup은 서버 사용 보증이 없습니다.

성능으로 보자면 리눅스에 따로 apm을 설치해서 사용하는 것이 좋습니다.

예전엔 컴파일 설치를 해야 성능이 좋았는데 요즘은 yum 이나 apt-get 같은 것으로 설치를 해도 큰 차이가 없습니다.

로컬 개발용으로 xampp를 사용중이고 개발서버 및 운영서버는 centos + yum 으로 관리중입니다.

Kaido님, 웅파님, 좋은 안내의 글들 감사합니다.

저는 현재 윈도우 환경에서 Prototype을 개발할

예정이고 여기서 실행이 잘 되면 리눅스로 이관

할 예정입니다. APMSetup은 저도 포기했고 XAMPP

를 서버에 설치해서 운영할까 하다가 PHP,Apache,MySQL

을 각각 설치해서 HeidiSQL로 디비를 관리해볼까 합니다.

특히 웅파님에게 여쭙고 싶은데 경험이 많지 않은 저의

입장에서 두개의 환경 중에 어느 것이 더 좋을지 판단이

잘 안되는데 좋은 조언을 부탁드립니다. 건강들 하십시요.