1. /var/www/html 이 기본 디렉토리(이미 WP가 설치되어 있음)라 하면 /var/www/html/ci(또는 님하 맘에 드는 폴더) 에 CI를 설치합니다.
http://localhost/ci 접속해보면 반가운 CI Welcome 화면이 나옵니다.

2. /var/www/html/ci  의 폴더에 .htaccess 파일을 생성하고 아래와 같이 입력 합니다.

RewriteEngine On

RewriteCond $1 !^(index\.php)
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d

RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]

3. /var/www/html/ci  폴더의 index.php 를 열어서 맨 하단에 다음과 같이 한줄을 삽입해줍니다.

/*
 * --------------------------------------------------------------------
 * LOAD THE BOOTSTRAP FILE
 * --------------------------------------------------------------------
 *
 * And away we go...
 *
 */
require_once '../wp-load.php'; // 상단에 설치된 워드프레스 경로
require_once BASEPATH.'core/CodeIgniter.php';

/* End of file index.php */
/* Location: ./index.php */

4. welcome 컨트롤러의 index 함수에 다음과 같이 입력하고 http://localhost/ci 또는  http://localhost/ci/welcome 에 접속을 해봅니다. 

function index()
 {
  get_header();
  echo "CodeIgniter!!!!";
  get_sidebar();
  get_footer();
 }

뭐 결과는... ^^
켭쳐뜨기 귀찮아서 웅파님 화면 빌려 왔습니다.